El CIEMAT, antigua Junta de Energía Nuclear, se considera hoy "una instalación nuclear única compuesta por 19 instalaciones radiactivas y seis instalaciones paradas (cuatro nucleares y dos radiactivas)". Como consecuencia de las denuncias formuladas desde diversos ámbitos (sindicatos, vecinos del entorno, políticos…) el Ministerio de Ciencia y Tecnología aprobó en septiembre de 2000 un Plan Integral para la Mejora de las Instalaciones del CIEMAT (Ciudad Universitaria), dotado con 6.000 millones de pesetas, con el objetivo de desmantelar las zonas obsoletas y la construcción en el edificio 55 de un cementerio o "isla nucllear" que concentre todas las instalaciones nucleares del centro.

    Las obras previstas en el CIEMAT suponen el traslado de más de 630 toneladas de residuos radiactivos que permanecían desde hace años en el centro de investigación. La mayor parte de los restos contaminados, 618.000 kilos de hormigón, tierras y otros materiales como plomo, aluminio y resinas considerados de baja actividad, se trasladarían al depósito subterráneo ubicado en El Cabril. El resto, 15.700 kilos de materiales radiactivos (grafito, plomo y acero), permanecerían en la sede del CIEMAT.

    En septiembre de 2001, la dirección del CIEMAT anuncia al comité de empresa del centro que el Ayuntamiento y la Comunidad de Madrid no autorizan las obras previstas, debido a que el RAMINP Reglamento de Actividades Molestas, Insalubres, Nocivas y peligrosas) no permite este tipo de instalaciones (la "isla nuclear") a menos de 2 km de los núcleos urbanos y tratarse de actividades no previstas en el Plan Especial de la Ciudad Universitaria. Por su parte los vecinos denunciaban la ausencia de un plan de emergencia exterior y de evaluación del impacto ambiental, así como el hermetismo que rodea el funcionamiento del CIEMAT, reclamando el derecho a estar informados.

    Cabe señalar que en 1970 se produjo un escape de material contaminado al alcantarillado, del que aún se desconoce su alcance real, o la existencia de zonas de vertidos donde "se han echado durante años los estériles (lo que no se usaba) de uranio natural". Cada cierto tiempo saltan a los medios de comunicación sucesos de contaminación radiactiva con valores superiores a los autorizados.